Proteómica y Genómica

El Servicio de Proteómica y Genómica del CIB Margarita Salas es un servicio de apoyo científico y tecnológico a la investigación, tanto para los investigadores del CIB Margarita Salas, como para los investigadores de otros centros e instituciones. 

Desde 2012 el laboratorio está certificado conforme a la norma UNE-EN ISO9001:2015 en "La determinación de la masa molecular por espectrometría de masas".

CertificadoER-0286-2009_ES_2023-12-26.pdf

SERVICIOS OFERTADOS:

PROTEÓMICA

• Separación de proteínas por electroforesis mono (SDS-PAGE) o bidimensional en geles de 7 cm y posterior tinción con Azul de Coomassie coloidal.
• Determinación de la masa molecular de péptidos y proteínas (MALDI-TOF).
• Identificación de proteínas mediante su huella peptídica y fragmentación de péptidos (MALDI-TOF/TOF).

• Identificación de proteínas en mezclas complejas (“shotgun proteomics”). 

• Cuantificación relativa del nivel de expresión de proteínas (con marcaje isobárico o libre de marcaje).

• Monitorización selectiva de iones parentales y de sus fragmentos   mediante SIM y PRM, respectivamente) en experimentos de proteómica dirigida.

• Identificación de fosfopéptidos a partir de mezclas complejas de proteínas.

   

  GENÓMICA:

  El Servicio dispone de las herramientas necesarias para la realización de estudios básicos de genómica funcional y de expresión:

• Electroforesis en chip (Tape Station):
  • de ARN, para la evaluación de su integridad, previa a experimentos de microarrays o rt-PCR;
  • de ADN;
• Análisis cuantitativo y cualitativo de ácidos nucleicos. PCR en tiempo real.
• Disponemos de la colección de sondas de genoma humano Universal Probe Library de Roche.

EQUIPOS DEL SERVICIO:

El equipamiento actual del Servicio es el siguiente:

PROTEÓMICA:

• 2 unidades de isoelectroenfoque Protean IEF cell (BIO-RAD), para la primera dimensión de los geles 2D en tiras de 7 cm de diferentes rangos de pH: 3-10 no lineal, 3-10-lineal y 4-7 lineal.
• 1 Cubeta multigel Miniprotean Dodecacell (BIO_RAD), para la electroforesis simultánea de hasta 12 geles de 8 x 7 cm. Este equipamiento permite la optimización de las condiciones de separación electroforética con una menor cantidad de muestra y un bajo coste.
• Espectrómetro de masas MALDI-TOF-TOF Autoflex III (Bruker) que permite determinar masas moleculares e identificar proteínas mediante su huella peptídica y fragmentación de péptidos.

• Espectrómetro de masas Q-Exactive dotado de una fuente de ionización nano Easy Spray conectada en línea a un nano-UPLC Easy-LC 1000 (Thermo Scientific).

• Espectrómetro de masas de alta resolución Orbitrap Exploris 240 conectado en línea a un nano-UHPLC Vanquish Neo a través de la fuente de iones NanoSpray Flex NG (Thermo Scientific). Ambos equipos combinan las ventajas del cuadrupolo para filtrado de masas y las del Orbitrap para resolución y precisión de masas. El Orbitrap Exploris 240 ofrece una mayor resolución, precisión de masa y sensibilidad lo que permite obtener un mayor número de identificaciones en un intervalo de tiempo reducido y con una menor concentración de muestra.

       Entre las aplicaciones de estos sistemas se encuentran: la identificación de proteínas en proteomas complejos y en muestras de baja y media complejidad; el análisis cuantitativo diferencial de proteomas (con marcaje isobárico o label free); los análisis de modificaciones postraduccionales, como fosforilaciones, y la cuantificación selectiva de proteínas mediante métodos propios de proteómica dirigida (“targeted proteomics”), como monitorización de reacciones múltiples [Selected Reaction Monitoring (SRM) y Multiple Reaction Monitoring (MRM)].

GENÓMICA:

• Nanodrop ND-1000. Espectrofotómetro UV-visible que permite cuantificar rápidamente ADN, ARN, proteínas, ácidos nucleicos y proteínas marcadas, etc., con un consumo de 1-2 µl de muestra.
• Tape Station 4150: El sistema 4150 TapeStation es una plataforma de electroforesis automatizada para el control de calidad de muestras de ácidos nucleicos. Permite un análisis rápido, sencillo y confiable de muestras de ADN y ARN de hasta 16 muestras por ejecución. Este sistema es la solución ideal para el control de calidad de muestras de ARN y ADN en secuenciación de próxima generación (NGS), biobancos o flujos de trabajo de desarrollo de vacunas.
• 2 Termocicladores de PCR en tiempo real (rt-PCR): iQ5 (BIO-RAD) y LightCycler 96 (Roche).. Detección mediante fluorescencia (SYBR Green o sondas específicas) que permite el análisis multiplex de hasta 5 fluoróforos. Se emplean placas de 96 pocillos. Entre sus aplicaciones se encuentran la cuantificación relativa de la expresión génica, la discriminación alélica (SNPs), la cuantificación absoluta, la determinación de la carga viral, el análisis de punto final, etc.